Pour une capacité d'environ 245 000 EH, le parc épuratoire (ensemble des Stations de Traitement des Eaux Usées (STEU)) des eaux domestiques collectives du territoire du SAGE comprend 23 équipements parmi lesquels on retrouve :

- 11 stations « boues activées »,
- 10 stations « lagunes »,
- 1 station « filtres plantés » (roseaux),
- 1 équipement mixte.

- 12 stations traitent l'azote,
- 6 stations traitent le phosphore,
- 4 stations réutilisent les eaux usées traitées de façon totale ou partielle.

En 2012, d'après les données d'autosurveillance, le bilan épuratoire mentionne les rendements moyens suivants :
► 87 % pour l'azote (contre 79 % à l'échelle du département) ;
► 58 % pour le phosphore (contre 71 % à l'échelle du département)

En fonction de la filière de traitement utilisée et de l'équipement, les rendements et la charge polluante sont variables. Ainsi, en 2012, 8 équipements étaient en surcharge hydraulique et 4 équipements en surcharge organique.
En sortie de station, à l'échelle du SAGE, les 27 000 m³ journaliers sont responsables, en moyenne, d'un flux de 138 kg de DBO5, 1 271 kg de DCO, 387 kg de MES, 370 kg de matières azotées et 80 kg de phosphore. Parmi ces rejets, une part non négligeable est rejetée en mer via un émissaire (station du Château-d'Olonne, 45 % des rejets) ou réutilisée de façon totale ou partielle en agriculture pour l'irrigation.

• Caractéristiques des STEU : © CD85 / communes
  SAGE : 2013
  Vendée : 2015

Autre lien vers ...
► ... carte dynamique : Caractéristiques des STEU - France © Ministère de l'environnement
Traitement contre azote et phosphore
► ... autres données : Assainissement - Vendée © ODE (CD85)

En habitat isolé, les systèmes d'épuration sont autonomes. Pour les 32 communes du SAGE, en 2012, 7 848 équipements d'assainissement non collectif (ANC) sont recensés sur le territoire, concernant une population estimée à 17 691 habitants (17,7 % de la population).
Les contrôles effectués par les SPANC (Services Publics d'ANC) identifient une moyenne de 17,5 % des ANC en fonctionnements non conformes à réhabilitation urgente.

• ANC non conformes 2012 - SAGE © CD85 / communes

Valant un classement en zone vulnérable au titre de la Directive Nitrates, la charge azotée d'origine animale (surtout bovine) est importante et assez homogène sur l'ensemble du territoire même si une plus forte concentration est observée sur le nord-est du territoire.
L'utilisation d'engrais minéraux et de pesticides dans les cultures participe également à la dégradation de la qualité des eaux. Pour les pesticides, les molécules les plus souvent ou les plus fréquemment retrouvées dans les cours d'eau sont les suivantes : le Diuron (interdit depuis 2007), la Terbutryne (interdit depuis 2003), le Glyphosate et l'AMPA (produit de dégradation du glyphosate, mais peut également être utilisé dans certaines lessives). Excepté la molécule de Terbutryne utilisée spécifiquement en agriculture, les autres molécules ont un usage multi-acteurs.

Par ailleurs, des pollutions ponctuelles peuvent également être responsables d'un flux de nutriments ou de bactéries sur les bassins versants :
► risque de fuites au niveau des bâtiments d'élevages,
► abreuvements directs des animaux dans les cours d'eau (5 % du linéaire hydrographique étudié dans le cadre de l'étude préalable à un Contrat Territorial Milieux Aquatiques), impactant la qualité physico-chimique et bactériologique.

En 2011, 13 industries ont un rejet connu de l'Agence de l'eau Loire- Bretagne. Parmi elles :
► 4 industries rejettent directement au milieu naturel,
► 4 industries sont équipées d'un système privé de traitement des eaux,
► 5 industries sont raccordées à un système d'assainissement public communal (dont 3 avec un système de pré-traitement).

Ces systèmes de traitement, privés ou collectifs, permettent d'éviter 71 % de la charge polluante en DB05, 61 % de la charge DCO, 92 % de la charge MES, 39 % de la charge NR, 22 % de la charge P et 68 % de la charge MTOX. Au final en 2011, les rejets industriels au milieu, connus de l'Agence de l'eau représentent environ 39 tonnes de DBO5, 110 tonnes de DCO, 29 tonnes de MES, 6 tonnes de NR, 1,6 tonne de P et 4,3 tonnes de MTOX.

Autre lien vers ...
► ... données brutes : site de l'AELB

D'autres sources de pollutions peuvent être mentionnées sans pour autant apporter des éléments chiffrés, par exemple (diagnostic du SAGE, 2006) :
► l'utilisation non agricole des pesticides, notamment les communes même si elles ont confirmé leurs efforts de réduction d'utilisation des pesticides en adhérant à la charte « Phyto et collectivités » en 2012 avec le syndicat mixte du SAGE Auzance Vertonne ;
► le rejet des eaux pluviales, dont la connaissance, à l'échelle des collectivités est limitée ;
► les activités portuaires ;
► la gestion des déchets liés aux activités dans les marais ou les estuaires.

La pollution microbienne d'origine fécale apportée par les cours d'eau en période d'écoulement apparaît élevée. Tous les cours d'eau du territoire apportent de façon plus ou moins importante une pollution bactériologique (élevée pour beaucoup d'entre eux) . Cette pollution peut dégrader momentanément la qualité des coquillages cultivés, du moins de ceux qui sont proches des sorties d'estuaire. Généralement, elle ne dégrade pas la qualité des eaux de baignade estivale. 

D'autre part, le profil de vulnérabilité des eaux conchylicoles du Payré a permis d'identifier et de hiérarchiser les principales sources de pollutions bactériologiques.

Principales sources de pollution bactériologique aux exutoires des 3 bassins versants alimentant l'estuaire du Payré

Même si l'exigence de qualité bactériologique est moins forte pour l'eau de baignade que pour d'autres usages, les profils de vulnérabilité recommandent souvent, pour préserver la bonne qualité générale des eaux de baignade :
► des mesures de surveillance concernant les eaux usées (collectif ou non collectif),
► une meilleure connaissance du ruissellement pluvial,
► une vigilance concernant le lessivage agricole dans certains secteurs,
► la mise en place de systèmes de vidange pour les aires accueillant des camping-cars.

D'origines très diverses, ce type de rejets directs est également mentionné par l'Ifremer au sujet de la qualité bactériologique des eaux conchylicoles de l'estuaire du Payré, pouvant être à l'origine de pics de contamination en période estivale.

Les activités portuaires peuvent être à l'origine d'autres types de pollutions que bactériologiques (métaux...).