L'évaluation de l'état écologique des cours d'eau tient compte des paramètres biologiques, physico-chimiques et de certains polluants spécifiques.
L'évaluation 2011 des masses d'eau mentionnait une qualité moyenne à médiocre pour l'ensemble des cours d'eau du territoire du SAGE. Bien souvent les paramètres déclassants sont les indicateurs biologiques et le mauvais bilan en oxygène lié à une forte présence de matières organiques. Pour certains cours d'eau, le Phosphore totaI est également au-dessus de la valeur de bon état (0,2 mg/l). Il est à noter une faible fiabilité de l'estimation pour 3 masses d'eau : le Tanchet, l'Ile Bernard et le Goulet, en raison d'un manque de suivi.
Masses d'eau
Etat écologique des masses d'eau "cours d'eau"
Etat écologique des masses d'eau "littorales"
La masse d'eau "Vendée - Les Sables" est de qualité moyenne en 2011, l'élément déclassant étant les macroalgues subtidales.
Après la disparition totale des ceintures de laminaires sur ce site en 2010, le suivi 2011 a mis en évidence leur réapparition progressive. Le suivi 2012 permettra de voir si cette tendance se confirme. Le point de suivi se situe au nord de Saint-Gilles-Croix-de-Vie (donc hors territoire).
La masse d'eau est en bon état pour les macroalgues intertidales. Ce classement est toutefois à considérer avec précaution du fait de la présence de deux ceintures algales seulement sur le site, ce qui rend délicate l'utilisation de l'indicateur.
Dans cette masse d'eau, les survols réalisés depuis 2007 montrent que les blooms algaux sont très peu importants (moins de 5 ha de surface cumulée chaque année). D'après le calcul de l'indicateur mis au point en 2011, cette masse d'eau est classée en très bon état pour les blooms d'algues opportunistes.
Etat chimique des masses d'eau "souterraines"
Se basant sur le point de suivi à l'hippodrome de la Malbrande, l'évaluation de l'état chimique des masses d'eau souterraines en 2011 fait mention d'une bonne qualité.